2つの時刻表を全て入力し、両方の時刻表に存在する時刻を1つだけにするような処理をした後、それをソートすればよいです。実装方針としては、時刻を表すような構造体やデータ構造を用意し、それを並べかえられるような関数を用意するとよいでしょう。 別の方針として、ある時刻にバスがあるかを表すbool型の配列を用意し、バスが存在する時刻をtrueとすることで重複なく時刻を昇順に確認できるようになります。
参考文献：4つの言語で解ける 実践プログラミング問題集